L’histoire d'Injustice : Les dieux sont parmi nous se passe dans une réalité parallèle, où le monde vit dans un régime totalitaire avec à sa tête Superman. Le plus grand super-héros de l'histoire, à la grande surprise de tous, a instauré une dictature pour préserver la paix. Tous ceux qui ne répondent pas aux lois instaurées sont pourchassés sans relâche.Le comic book « Injustice: Gods among us », publié chaque semaine avant la sortie du jeu, révèle comment Kal-El est devenu un tyran : le Joker a kidnappé Lois Lane alors qu'elle était enceinte de Superman. Ce dernier le retrouve à l'aide de la Justice League, dans un sous-marin. Mais, lorsque Superman entre dans le sous-marin, il est sous l'emprise du gaz hallucinogène de l'Épouvantail, mélangé avec de la kryptonite pour pouvoir permettre au gaz de faire effet sur le héros, lui faisant croire qu'il se battait contre Doomsday alors qu'en fait, c'était contre Lois; et quand il l'a tué, l'arrêt de son cœur a déclenché le détonateur d'une ogive nucléaire, que le Joker avait mis en elle, dont l'explosion détruisit Métropolis. Dans sa rage, Superman, qui n’avait jamais connu aucune perte dans sa vie, arracha le cœur du clown tueur avant de se radicaliser et d'instaurer le régime de terreur du gouvernement Terre-Unie.
Le jeu démarre cinq ans après les événements qui ont frappé Metropolis et Superman. La Ligue des Justiciers est dissoute et chaque héros doit choisir son camp. Batman semble être le chef de file de la rébellion contre Superman et doit conclure des alliances improbables. La guerre est déclarée entre chaque camp. Batman cherche alors à contacter les héros d'une autre dimension pour qu'ils l'aident à sauver son monde.
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